Nur für Nintendo DS (keine GBA-Version mehr!) Die Geschichte soll umfangreicher werden Die Gebiete werden wieder zufällig erstellt, so dass diese bei jedem Spiel anders sind Die neuen Pokemon aus Diamant und Perle sollen auch dabei sein (auch als Starter!) Die 493 enthaltenen Pokemon können nicht mit einer Edition alleine gefangen werden Dialga, Palkia, Cresselia und Darkrai sollen eine besondere Rolle spielen Man kann anderen Spielern wieder per Rettungsmission helfen. Diesmal wird ein Retten jedoch auch per WiFi und somit über größere Entfernungen möglich sein! Den japanischen Titeln der beiden Editionen nach wird es "Expeditionen" durch die "Zeit" und in die "Dunkelheit" geben ("Pokémon Fushigi no Dungeon: Toki no Tankentai", "Pokémon Fushigi no Dungeon: Yami no Tankentai") Die US-Versionen heißen "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Time" und "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Darkness"
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